Los orígenes del poblamiento en el término municipal de Almonaster La Real están documentados en la Edad del Cobre (III milenio a.C.) con el Dolmen de la Peña del Hombre , junto al río Odiel. De la Edad del Bronce (II milenio a.C.) se conservan vestigios de hábitat en el Cerro de San Cristóbal y en las necrópolis de cistas de Becerrero, Cerro del Moro, Gil Márquez y Tapazuelas.
Además en período Orientalizante (I milenio a.C.) se extrajo plata en Monte Romero. Pero los más abundantes corresponden a la época romana. Al decir del Profesor Luzón, los cimientos de la propia Villa de Almonaster se levantarían sobre un yacimiento romano. En la cerca del viejo Castillo pueden apreciarse numerosos sillares romanos, aunque todo ha quedado muy oculto bajo las obras medievales, y son romanos algunos de los restos arquitectónicos (columnas, capiteles y sillares), reutilizados en la construcción de la Mezquita. De la misma época es el notable yacimiento -aún por excavar- de Santa Eulalia, en el que destacan los muros que sirven de base al ábside de la Ermita. Se trata de los restos de un sepulcro turriforme del S. I, similar a la torre de los Escipiones de Tarragona.
La población mantuvo su vigencia en la época visigoda, periodo en el que se edificó un monasterio en el solar de la Fortaleza. Los restos religiosos de esta etapa son muy interesantes, destacando el dintel de entrada, parte del iconostasis de la Iglesia, restos de un ara y un cimacio, todos ellos datables entre los S. V y VII. Según Alfonso Jiménez, restaurador y estudioso de la Mezquita, el actual nombre de la población procedería del topónimo árabe Al–munastyr, trascripción casi literal de su anterior nombre latino monasterium.
El primer testimonio escrito de la existencia de Almonaster, corresponde al geógrafo musulmán Abu Ubaid al Bakri, en el 822 de nuestra era : “… el iqlin de al – Munastyr y los demás de la Kora de Isbilya recaudaron más de 35.000 dinares de la gibaya…” .
Al llegar los musulmanes a España se cree que fue ocupada por Abd al Aziz, como toda la provincia de Huelva, cuando desde Sevilla realiza una campaña hacia tierras del Algarve, capitulando sin lucha la población y pasando a depender de los Walíes de Córdoba. En esta zona se asentaron beréberes, mientras que las zonas llanas fueron ocupadas por muladíes y mozárabes hispanos.
La conquista cristiana del lugar se realizó a mediados del siglo XIII mediante el avance de tropas de la Orden del Hospital y del Rey Sancho II de Portugal, pasando a formar parte, poco después, del reino castellanoleonés. No obstante, en 1284, el rey Sancho IV entregó las tierras de Almonaster al Arzobispado de Sevilla. Felipe II incorporó de nuevo estas tierras al realengo en 1574, para venderla posteriormente a Nicolás de Grimaldo con el fin de atender las deudas contraidas por la Corona. Éste, a su vez, pretendió venderla al Marqués de la Algaba, no obstante, sus vecinos lograron recuperarla en 1583 recaudando la cuantía de la venta por derrama. Durante el siglo XVIII, nuevos poderes señoriales irrumpieron en la propiedad de la villa, pasando a manos de don Gregorio del Valle Clavijo, desde mediados hasta finales de la centuria.
Durante el siglo XIX, la localidad gozará de un periodo de expansión económica y social propiciado por la puesta en valor y explotación de sus importantes recursos mineros, aunque decayó sensiblemente a lo largo de la segunda mitad del siglo XX, provocando la paralización paulatina de las explotaciones mineras y el éxodo rural. Sin embargo la minería resurge a principios de la actual centuria de la mano de la empresa Minas de Aguas Teñidas (MATSA) que cuenta con dos proyectos mineros en operación en el término de Almonaster; la Mina Aguas Teñidas y Mina Magdalena. La actividad de MATSA consiste en la investigación y explotación de yacimientos minerales y su tratamiento en la planta de procesamiento cuyo producto final es concentrado de cobre, de zinc y de plomo. Esta actividad constituye hoy el principal generador de empleo en la zona junto a otros trabajos de la población relacionados con el aprovechamiento forestal, la ganadería, el trabajo temporal proporcionado por las instituiciones públicas y la puesta en valor del patrimonio histórico-artístico, consolidando al pueblo de Almonaster como destino rural de gran interés.
